1940年，当毛泽民再次踏上新疆的土地，这里的形势已陷入严重的危机之中。此时，新疆督办盛世才随着政治地位的巩固，对共产党人的态度也由暗中戒备转为逐渐公开限制。毛泽民对此十分反感。

　　面对新疆日益恶化的政局，毛泽民的老战友曾劝他说，不要再回新疆了，希望他从苏联直接返回延安。

　　毛泽民谢绝了老战友的好意。此时，他只有一个信念：不辱使命，造福新疆人民。他考虑的只有党的工作。既然党中央决定尽最大努力维持与盛世才的统战关系，并决定自己再回新疆工作，那么，就是赴汤蹈火也在所不辞。毛泽民义无反顾地回到了荆棘遍地、险象环生的新疆。为新疆人民主理财政，毛泽民仍旧兢兢业业，不分昼夜，一丝不苟地工作着。

　　毛泽民回到新疆，正赶上他赴苏之前参与计划制定的新疆第二期三年建设计划(1940—1942年)的第一年。回来后，他大力推进计划，集中财力发展新疆的经济建设。

　　继改组银行、改革币制后，毛泽民又连烧了四把火——改革税制、取缔特权机关的“小金库”、强化财政预决算、发行建设公债。　　毛泽民重返新疆后的一项重大建树，就是整顿腐朽的税收制度，废除苛捐杂税，建立新税制，将税收“取之于民，用之于民”。

　　为确定土地所有权，解决土地纠纷，增加田赋收入，毛泽民先后草拟了一系列文件，包括新的田赋章程及官产(房屋)收入条例，进行验契、丈量土地、核实户数。随后，毛泽民又提出清查土地的三个具体办法。

　　在财政厅的指导下，牧区组织起牧税委员会，由地方有关机关派员共同办理，并聘请区、村长为帮征人员，负责帮征考查。

　　毛泽民着力健全并顺利实施新的预算制度，使用于农牧业、工业交通、文化卫生的经费大幅度增加。

　　1941年秋天，新疆省政府成立了财政经济委员会。毛泽民任主任委员。他亲自拟定了《督办公署为实施民国三十年度收支总预算标准案的通令》，由盛世才批准执。不久，毛泽民又主持起草了《各机关严格遵守预算纪律的办法》。他还撰写了《为完成民国三十年新预算任务而斗争》等文章。

　　毛泽民的这些提议因触动了军政界很多人的利益，而遭到他们的反对，也成为日后毛泽民惨遭国民党杀害的隐患。但毛泽民毫不妥协。他列举了延安军民通过大生产运动，战胜经济困难的大量实例。对此，盛世才将信将疑，在派亲信到延安办事时，特别嘱咐暗中了解延安军队的生产情况。亲信回来后如实作了汇报。盛世这才接受了毛泽民的意见，令军队进行生产，争取3年内达到自给。

　　在毛泽民兼任迪化市政委员会主任委员期间，主持了不少市政建设项目。如，修建了黄河路、扬子江路、镇江路、中山路，在乌鲁木齐河上增设了中桥和三桥，修建了和田街居民住宅。他还十分注意大力发展新疆的文教卫生事业。增加教育经费，改善教师的工资待遇。

　　毛泽民一贯坚持，在财政上要量入为出，减少赤字。“滥发纸币，就会造成通货膨胀，无异于饮鸩止渴。”由于预决算制度的逐一健全，在毛泽民主管财政期间，新疆全省的财政赤字大大降低。

　　面对第二期三年建设计划实施中“建设资金严重不足”的最大难题。经过深思熟虑的毛泽民最后决定，借鉴中央苏区发行战争公债的办法，在新疆开创出一条发行建设公债募集资金的新路来。

　　这—大胆设想得到省政府当局的认可后，毛泽民主持拟定了《民国三十年新疆省建设公债条例》条例规定。

　　发行建设公债在新疆历史上是第一次，不仅为了筹集资金，更重要的是促进各族人民关心国家和地方建设。毛泽民高度重视宣传动员工作。他曾在《新疆日报》上向各族人民发表致辞，阐述发行建设公债的重大意义。《新疆日报》专门发表了《为了建新，为了抗战，为了自己》的时事述评。毛泽民多次亲临迪化市民大会、工商界群众大会、新疆反帝总会各级干事会发表演讲，向群众表态：发行公债是政府向人民借钞票，如数归还是有可靠保证的!他要求各级干部用新疆建设的美好蓝图向群众做耐心、细致的宣传、解释工作，坚决反对强迫摊派的作风。

　　由于发行建设公债是一件顺民心、和民意的好事情，再加上分布在全疆各地区、各部门的中共党人、进步人士的共同努力，整个发行建设公债的工作进展得十分顺利。

　　令人遗憾的是，这笔近700万元的公债，大部分被盛世才弥补了财政收支的亏空，而直接用于发展经济、兴办实业的却寥寥无几。但这毕竟为新疆趟出了一条筹集建设资金的新路。